בדומה לרפואה הטבעית התופסת תאוצה בעולם האנושי, כך גם הרפואה הטבעית הוטרינרית זוכה בשנים האחרונות לתהודה גדולה יותר ויותר, כאשר בניגוד לביקורת השכיחה הטוענת שרפואה טבעית בבני אדם פועלת בעיקר בשל תכונת ה''אינבו'' (פלצבו), הרי שלא ניתן לטעון שחיות מרפאות את עצמן בצורה אוטוסוגסטית, או בשל ציפייה לרפואה. התגובות החיוביות לטיפול ה''טבעי'' בחיות מפריכות את הטענות לפיהן ריפוי טבעי אינו יעיל. 

ד''ר קישון דוגל ברפואה הוליסטית וטרינרית (והומנית), המתייחסת אל החי כאל מכלול ולכן במקרה של בעיה רפואית כלשהי הוא אינו מסתפק באבחנה ובטיפול בגורם האקוטי אלא מנסה לרדת לשורש הפגיעה ולמה שהוביל להתפרצות המחלה. מקרה לדוגמא הוא של כלב הסובל מפפילומות, שהן גידולים  עוריים שמקורם ויראלי. ניתן אמנם לטפל בהם בצורה מקומית על ידי צריבת היבלות, אולם קישון יעדיף לחקור מעבר לכך ולראות האם החולשה החיסונית שבעטיה התפרצה הבעיה נגרמת בשל גילו הצעיר של הכלב.

האם יתכן שתנאי גידולו אינם נאותים? ראיה כזו תבחן את תזונת הכלב האם היא מושלמת ועשירה בויטמינים או שיש צורך להשלים אותה בדרך כלשהי. כלבים לרוב ניזונים מאוכל יבש, כך שקל לעקוב אחר תזונתם, אולם כדי לספק העשרה מיידית מציע קישון את מה שהוא מכנה ''המתכון המהיר של ד''ר קישון'' - כל מה שצריך הוא לבק''ש: לבק''ש = לחם ביצה קוטג' שמן, יש לערבב הכל ולהכניס למיקרוגל לשתי דקות. התוצאה היא תוסף מזון טבעי ועשיר שאותו כדאי לתת לכלבים פעם, פעמיים או שלוש בשבוע. ניתן לחזק את המערכת החיסונית של הכלב בדרכים נוספות. כיום ניתן לעשות זאת על ידי הזרקת וירוס מוחלש הגורם לאבעבועות רוח בכבשים. כאשר מזריקים אותו לחיות אחרות, הוא מפתח מאד את התנגודת הכללית של המערכת החיסונית שלהן. טיפול אחר הוא ''טיפול דם עצמי'' - שבו מוציאים דם מוריד הכלב ומזריקים אותו לשריר (שיטה זו משפרת את שיתוף הפעולה בין גורמים שונים במערכת החיסון).

בנוסף אפשר לתת תרופות טבעיות כגון תמהיל הומאופתי של אכיניצאה ובופו (חומר המכיל ארס של קרפדה דרום אמריקאית).

כלבים רבים סובלים מאלרגיה בעורם. ניתן  לטפל בכך באופן אקוטי על ידי מתן קורטיזון ומאידך אפשר לטפל בבסיס של הבעיה דהיינו, לנסות לאתר את הגורם לאלרגיה. לשם כך, ראשית יש לראות אם הכלב סובל מפרעושים שעלולים לגרום לאלרגיה. לא פעם מסתבר שיש להתאים לו מזון שונה (הוטרינר יכול לתת לכלב אוכל רפואי מוכן העשוי מדגים ואורז). אפשרות אחרת היא לעשות טסטים לאלרגיה וכן לתת מוצרים  שתומכים בעור כגון שמן דגים.

עקרונות הרפואה ההוליסטית על פי ד''ר קישון:
* מוטב לחזק את מערכת החיסון מאשר את תעשיית התרופות.
* להיזהר מרופאים מאחר ולרוב הם מסוכנים יותר מהמחלות עצמן וכוח ההרס העומד לרשותם רב יותר. יש לזכור שהגוף שואף לרפא את עצמו ויש לעזור לו בכך.
הדברה טבעית לפרעושים בעזרת ''פרוגרם'' תכשיר הניתן בכדורים או בזריקה. חומר זה אינו רעיל לפרעושים אולם הוא מפר את מעגל ההתרבות שלהם (גלולות נגד הריון לפרעושות).
חשוב לשמור על איזון פסיכולוגי של חית המחמד. חשוב לשהות מספיק זמן עם הכלב ולשחק אתו (יראה משחק המתאים לכלב שנשאר בבית. זהו מתקן כדורי המכיל גרגרי אוכל, כאשר הכלב מסובב אותו, המזון יוצא ממנו לאט). ניתן להרגיע כלב באמצעי טבעי הומאופתי כגון רסקיו.